Examinando por Materia "Dinámica molecular"

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    PublicaciónAcceso abierto
    Dinámica de agregación y ensamblaje In Silico de ribonucleoproteínas de plasma germinal
    (Universidad EIA, 2023) Piedrahíta López, Maria Antonia; Olaya Muñoz, Daniel Alejandro
    RESUMEN: a raíz de las investigaciones alrededor de la biología molecular se han logrado identificar diferentes tipos de partículas de ribonucleoproteínas (RNP), las cuales se desempeñan en un amplio rango de actividades celulares, como la formación y estabilización del ARN, la participación durante la expresión génica en células eucariotas, la precesión de partículas claves en el procesamiento de los ARN-m (Dreyfuss, Phflipson, & W. Mattaj, 1988), la orientación proteica, entre otras (Parker & Sheth, 2007). Debido a su alta participación en los procesos celulares, las partículas de RNP han sido estudiadas por diversos investigadores, pero la comprensión que se tiene sobre ellas y sus mecanismos de formación, agregación y dinámica es muy reducida. Siendo así, enfocar la atención en las partículas de RNP y comprender su mecanismo físico de formación de agregados resulta importante debido principalmente al potencial que tienen en aplicaciones médicas, como medicina personalizada preventiva y terapéutica (Becker & Gitler, 2015). Por medio de este proyecto se plantea determinar los mecanismos físicos de agregación de las partículas de RNP a partir de un diseño metodológico dividido en tres etapas principales: la construcción del modelo mesoscópico, la simulación de los mecanismos físicos de agregación y la determinación de diagramas de estabilidad de las partículas. En la primera fase se preparará el modelo mínimo, discretizando las partículas de RNP, formando los agregados de estas y estableciendo el modelo del solvente. En la segunda fase será seleccionado el modelo de simulación con el fin de construir el algoritmo que permita simular las interacciones moleculares entre las partículas y el solvente. Por último, se determinarán las mínimas energías del sistema y a partir de estas se construirán los diagramas de energía y estados de agregación. En la última fase de la metodología, además, se llevará a cabo la validación del sistema.
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    PublicaciónAcceso abierto
    Modelamiento in-silico informado teórica y genómicamente de la proteína prM/M para los cuatro serotipos del virus del dengue
    (Universidad EIA, 2025) Gómez González, Juan José; Olaya Muñoz, Daniel Alejandro; Villegas Velásquez, Simón
    RESUMEN: El virus del dengue, transmitido principalmente por el mosquito Aedes aegypti, presenta millones de infecciones anuales que ocurren en brotes periódicos, especialmente en regiones tropicales y subtropicales. La complejidad del comportamiento del dengue surge de la interacción dinámica entre cuatro serotipos distintos, lo que desafía tanto la inmunidad natural como el desarrollo de vacunas, además de un potencial aumento de la gravedad de la enfermedad tras una segunda infección. Comprender el comportamiento molecular de las proteínas del virus del dengue es fundamental para descifrar los mecanismos detrás de la infección viral y la evasión del sistema inmunológico. En esta investigación, se propone una plataforma computacional informada a partir de datos genómicos e información cristalográfica, donde se reconstruyó la estructura tridimensional de la proteína prM/M del virión del dengue mediante AlphaFold3®. Luego, se evaluó el comportamiento físico de dicha proteína para cada serotipo utilizando dinámica molecular, donde se calcularon propiedades fisicoquímicas para determinar las diferencias estructurales y electrostáticas entre los cuatro serotipos. Finalmente, a partir de una formulación integral para el problema electrostático, se calculó el potencial eléctrico, la distribución de carga superficial inducida y la energía electrostática, y así determinar la influencia de las mutaciones presentes en las proteínas y la relación con el comportamiento biológico de cada serotipo del dengue